Funkcję Instytucji Zarządzającej WRPO pełni Zarząd Województwa Wielkopolskiego, który wykonuje swe zadania przy pomocy Departamentu Polityki Regionalnej i Departamentu Wdrażania Programu Regionalnego Urzędu Marszałkowskiego Województwa Wielkopolskiego. Instytucją Pośredniczącą dla Priorytetu III jest Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Poznaniu.

Instytucją Zarządzającą Wielkopolskim Regionalnym Programem Operacyjnym na lata 2007-2013 jest Zarząd Województwa Wielkopolskiego, który będzie wykonywał swe zadania przy pomocy Departamentu Polityki Regionalnej Urzędu Marszałkowskiego Województwa Wielkopolskiego w Poznaniu (UMWW).

Departament Wdrażania Programu Regionalnego kształtuje kompleksową politykę działania w zakresie zarządzania i finansowania projektami w ramach Wielkopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007-2013.

Jednostką uczestniczącą w zarządzaniu WRPO jest Departament Polityki Regionalnej Urzędu Marszałkowskiego. Jako komórka organizacyjna o funkcjach zarządzających, DPR odpowiada za zarządzanie całością WRPO, monitoring, ewaluację, kontrolę programu, pomoc techniczną, informację i promocję oraz szkolenia. Ponadto prowadzi stronę internetową www.wrpo.wielkopolskie.pl